Dacă ne-am putea întoarce cu aproximativ 2.500 de ani în urmă, am găsi pe dealul Cătălinei o cetate traco-getică, ce stăruia împrejurimile. În interiorul cetății, pe o suprafață de 5 hectare se aflau locuințele conducătorului cetății și ale celor apropiați lui, iar jos, la poale, erau așezările celorlalți, ale oamenilor de rând care cultivau pământurile. Descoperirile din interiorul cetății Cătălina au adus argumente convingătoare despre cultura viței de vie la Cotnari, tocmai din timpurile lui Burebista (82-44 i.Hr).
Se spune că numele de Cotnari este dat de meșteșugul cotitului butoaielor (cot – a coti, a măsura și ar – meșter). La 1599 Cotnariul (cu 3.500 de fumuri) era unul dintre cele mai mari târguri ale Moldovei, după Suceava și Bacău.
Primele mențiuni istorice ale podgoriei de la Cotnari datează din secolul al XVIII-lea. Nicolaie Costin scrie că viile Cotnarilor erau cunoscute înainte de întemeierea Moldovei, la 1359, iar A. D. Xenopol menționează existența viilor de aici la 1288. Radu Rosetti merge mai departe și menționează podgoria la 1250.
O dată cu începutul sec. al XV-lea relatările despre podgoria de la Cotnari devin substanțiale, din perioada domniilor lui Petru al II-lea (1444-1449), Ștefan Cel Mare (1457-1504) și Despot-Vodă (1561-1563), când podgoria a atins o cotă maximă atât prin mărimea ariei cultivate cu viță de vie, cât și prin calitatea vinului obținut. Primele evidențe cu privire la suprafața de vie pe totalul podgoriei datează din 1830 când 500 de pogoane din cele 720 de la Cotnari aparțineau localnicilor.